農藥殘留檢測儀主要采用的酶抑制率原理檢測。酶抑制率檢測方法是一種簡便、靈敏、經濟、快速的檢測方法。農藥殘留檢測儀可將抽查的蔬菜樣本先進行粗篩，將有殘毒問題的蔬菜再用氣相色譜儀等分析儀器進一步定性和定量分析。農藥殘留檢測儀的檢測原理是根據有機磷和氨基甲酸酯類農藥能抑制昆蟲神經中樞和周圍神經系統中乙酰膽堿酶的活性，造成神經傳導介質乙酰膽堿的積累，影響正常傳導，使昆蟲中毒致死，根據這一昆蟲毒理學原理而用在對農藥殘留的檢測中。

農藥殘留檢測的方法有多種，除去上述檢測方法還包括以下幾種：

1、常規檢測法：包括濾紙層析法、液相色譜法、氣相色譜法等，主要適用于快速篩選疑似農藥殘留超標的樣品。

2、色譜法：包括高效液相色譜法、氣相色譜法、離子色譜法等，主要適用于分離和檢測農藥殘留物質。

3、光譜法：包括紅外光譜法、紫外光譜法、熒光光譜法等，主要適用于檢測農藥殘留物質的分子結構。

4、免疫學檢測法：包括膠體金技術、免疫印跡技術、多克隆抗體技術等，主要適用于檢測農藥殘留物質的免疫學特性。

5、PCR檢測法：主要適用于檢測蔬菜、水果等農產品中特定基因的表達情況，可用于檢測農藥殘留超標。